2005年11月，深圳航空有限责任公司完成股权转让，成为国内最大的民营控股航空公司。新股东提出了实现深航跨越式发展的“369”发展战略规划，深航进入了新的发展时期。

　　2006年是深航发展史上具有里程碑意义的一年，是深航实施“369”发展战略规划的开局之年，也是深航在安全、效益、服务、发展等方面取得骄人业绩的一年。深航确立了发展战略，形成了文化体系，进行了一系列的组织创新、管理创新、机制创新和服务创新，实施了人才引进培训计划，建成模拟机培训基地一个、员工培训中心三个、与院校合作设立研究基地三个。进军东北、落子中原，推进了广州、北京战略和苏、锡、常“金三角”战略，积极筹建山东、西南、西安、南京分公司，初步完成了公司前期战略发展布局，企业的内在实力和外在影响力得到了全面提升。2006年深航引进波音747、737和空客319、320飞机12架，建成生产基地3个，是深航历史上引进飞机数量最多的一年，也是基地建设最快的一年。

　　2007年，深航在“创建深航罗盘管理模式，打造五星级航空运输企业，做特色航空的领跑者”的集团目标的指引下，以创新和进取为动力，进一步加快发展速度，提升发展品质，按照“一个主体、两个支撑、三大业务、四个板块”的集团业务发展规划，发展价值链、服务链产业集团，以客运为主体、客货并举，实施深航“369”规划，着力推进信息化、资产运营平台建设，实现货运、支线、公务机航空的共同发展，大力发展机场、酒店旅游、房地产、飞机租赁等与主业相关度较大的产业板块，实施品牌经营战略，构建蛛网型航线网络，形成了以企业文化为旗帜，以罗盘管理为支撑，“三高一低”的核心竞争力，提前一年实现“369”发展战略规划的第一步目标，成为中国第五大航空集团。2005至2007年，深航主要生产经营指标以年均40%以上的速度递增，近两年的发展超过了前面13年的总和，2007年实现利润6.4亿元，比上年增长76.8%。

　　深航以“立志成为世界上最受推崇和最有价值的航空公司，推动民族航空成为世界首选”为使命，以成为“特色航空的领跑者”为愿景，向世人昭示了企业的追求和责任，在中国民航由民航大国向民航强国的发展过程中贡献自己的力量。